神作工有一個主要的原則，就是要人禱告，要人在禱告上與祂合作。
所有屬靈的工作，都有四個步驟：第一步是神起意，這就是神的旨意。第二步，是神把這個旨意藉著聖靈啟示給祂的兒女，叫他們懂得神有一個旨意，神有一個打算，神有一個要求和盼望。第三步，就是神的兒女把神的旨意回頭禱告給神聽。禱告就是響應神的旨意。如果我們的心與神的心完全是相合的，自然就會說出神所願意作的事來。結果，第四步，神就必定去作成那件事。
我們所要注意的是第三—我們怎樣把神的旨意回頭禱告神。請注意『回頭』這兩個字。一切有價值的禱告都是回頭的。如果我們的禱告只是為要成功我們所打算、所盼望的，這在屬靈的世界中是沒有多大價值的。必須是從神起頭，我們響應，這纔是有價值的禱告。神的工作是被這樣的禱告所支配的。多少事，神願意作，但是因為神的子民不禱告的緣故，祂寧可不作。神必須等人同意以後，祂纔去作，這是神作工的一個大原則，是聖經中最要緊的原則之一。（倪柝聲文集第二輯第十八冊，一五頁。）
〔在雅各書五章十七節裡，懇切禱告，直譯，在禱告裡禱告；〕這指明有從主來的禱告賜給了以利亞，他就在這禱告裡禱告。他不是憑自己的感覺、思想、意願、情緒，或任何來自環境和情況的刺激，為著達到自己的目的而禱告，乃是在主所賜給他的禱告裡，為了成就主的旨意而禱告。（雅各書生命讀經，一二四頁。）